¡La Ciudad Perdida de la Atlántida ha sido encontrada! Un grupo secreto de científicos han descubierto la localización de la famosa y legendaria ciudad perdida de la Atlántida, pero no está en la Tierra. Está localizada incluso en una galaxia totalmente diferente, la galaxia Pegaso. Stargate Atlantis, el "spin-off" de la exitosa Stargate SG-1 sigue las aventuras de un grupo lilitar y científico multinacional liderados por la diplomática doctora Elizabeth Weir (Torri Higginson, La tormenta del siglo), y que se dirigen en un viaje hacia la Atlántida.
Su misión es investigar los secretos de la Atlántida, una ciudad que ahora se conoce que fue construída por seres ancestrales muy poderosos, y traer de vuelta a la Tierra cualquier cosa que descubran. Estarán abandonados a su suerte, sin posibilidad de retorno sin posibilidad de rescate o apoyo, a menos que puedan encontrar en la Atlántida la tecnología que necesitan para poder volver a la Tierra.
El descubrimiento de una ciudad perdida en el lugar más inesperado lleva al equipo del Stargate a la galaxia de Pegaso donde encuentran un planeta con humanos primitivos que se encuentran en peligro.
Sheppard intenta convencer a Weir para que prepare una misión de rescate para liberar al Coronel Sumner, Teyla y al resto de la tripulación que han sido capturados por los Wraith.
Un alien intruso ha logrado entrar en la ciudad perdida de Atlantis amenazando la seguridad de la base. Los experimentos del Doctor McKay con la tecnología de los aliens le meten en problemas.
El Jumper está dañado y la mitad está atrapada en el Stargate. Tienen 38 minutos para encontrar una manera de sacarlo o el Stargate se cerrará y cortará al Saltacharcos en dos.
Después de otro peligroso encuentro con los Wraith, el equipo de la Tierra sospecha que hay un traidor entre ellos. Las sospechas les llevan a los Athosianos y Teyla se encuentra inculpada.
El equipo del Stargate aterriza en un planeta donde los habitantes, que se encuentran en continua amenaza por los Espectros, practican el suicidio ritual cuando alcanzan la edad de 25.
La tripulación del Stargate investiga una droga que está siendo diseñada en otro mundo y que tiene el potencial de repeler a los Espectros para que no drenen la energía de los humanos.
Entrando al planeta de los Genii, el equipo descubre una población de granjeros. Pero están preparando un arma letal para atacar a los espectros y parece que los Genii no son buenos aliados.
Esta vez, el equipo del Stargate en Atlantis planea usar la niebla atmosférica especial que se encuentra en uno de los planetas para adquirir la energía necesaria y poder volver a la Tierra.
Los habitantes de la ciudad de Atlantis tienen que ser evacuados rápidamente cuando un huracán amenaza con destruirla. Pero las cosas empeoran cuando la ciudad es invadida por los genii.
Los habitantes de la ciudad de Atlantis tienen que ser evacuados rápidamente cuando un huracán amenaza con destruirla. Pero las cosas empeoran cuando la ciudad es invadida por los genii.
El equipo de Sheppard investiga una nave de los Wraith que ha sido derribada. Durante la investigación encuentran que están atrapados en un planeta en el que solo hay un superviviente de los Wraith.
Casi una tercera parte de los residentes de Atlantis están infectados con un extraño virus que causa alucinaciones y finalmente la muerte. Forzando a los habitantes a la clausura de la ciudad.
El equipo del Atlantis encuentra un mundo pre-tecnológico virgen a los Wraith. Intentan negociar con la población para proporcionar allí un hogar para los refugiados de los ataques de los Wraith.
Una mujer anciana se encuentra en Atlantis en un estado de animación suspendida y el equipo se sorprende al descubrir que es la Doctora Weir quien les cuanta sobre su viaje 10.000 años en el pasado.
El planeta Dagan podría ser el hogar de un ZPM de vital importancia para restaurar el escudo de Atlantis y proteger la ciudad del ataque de los Wraith. Pero el planeta podría no ser lo que parece.
La expedición del Atlantis encuentra una breve oportunidad para mandar transmisiones a La Tierra y aprovechan la oportunidad para componer mensajes y mandarlos a casa a los seres queridos.
Teyla sufre una serie de pesadillas terroríficas y comienza a recordar aquella vez que ella y su padre fueron capturados por los Wraith y fueron sometidos a malvados experimentos.
Una flota de naves Wraith se dirige a Atlantis y el equipo busca un lugar para escapar y una manera de destruir la ciudad. McKay dirige al equipo e intentan activar la plataforma de armamento orbital.
Un nuevo contingente militar procedente de la Tierra es enviada a Atlantis atravesando la Stargate para tomar el comando de la ciudad y defenderla de un inminente ataque de los Wraith.
El arma de batalla de la Tierra, Daedalus, llega bajo el comando del coronel Caldwell y salva a Sheppard en su lucha contra la flota de los Wraith. El equipo debe instalar en Atlantis el nuevo ZPM.
La nave de combate Daedalus se infecta con un virus maligno electrónico que proviene de los Wraith. Mientras, los miembros de la expedición de Atlantis sueñan con volver a la Tierra.
Sheppard y su equipo emprenden un viaje para localizar al Teniente Ford, pero en el intento se ven raptados por Ronon Dex, un ex-soldado que ha sido expulsado del ejército de los Wraith.
Una interferencia técnica que tiene lugar durante el rescate de una nave Wraith hace que la mente de la teniente Laura Cadman se transfiera al cuerpo del Doctor McKay y co-existan las dos mentes.
El equipo del Atlantis descubre un planeta con una cultura que vive en relativa seguridad evitando los ataques de los Wraith, porque les entregan a sus criminales para que se alimenten.
Ronon Dex descubre que algunos de sus hombres sobrevivieron al ataque de los Wraith en su planeta, incluyendo su antiguo entrenador militar, con quien tiene algunos asuntos pendientes.
Un virus sintético creado por el Doctor Beckett para convertir a los Wraith en humanos pone la vida de Sheppard en peligro cuando encuentran a una niña en los primeros estados de desarrollo Wraith.
Una de la misiones del equipo está en peligro cuando Sheppard comienza a transformarse en un Wraith después de ser atacado. El equipo del Atlantis se apresura para evitar la conversión.
El equipo del Stargate encuentra una enorme nave especial llamada Aurora que pertenece a una antigua civilización. No es lo único que encuentran, una antigua especie habita en el interior de la nave.
El teniente Ford, que ahora tienes su propio equipo de súper soldados pide ayuda al coronel Sheppard para asi poder sabotear y destruir a una nave colmena que hay cerca de su territorio.
En este capitulo podremos ver como Mckay intenta rescatar a Sheppard, Teyla y Ronon de la nave colmena que el teniente Ford quiere sabotear y destruir. No todo saldrá según lo planeado.
Sheppard se separa de su equipo cuando investigan un antiguo dispositivo. Queda atrapado en un lugar donde el tiempo pasa mas rápido de lo normal. Mckay intentará salvarlo antes que su tiempo acabe.
Atlantis está amenazada por una bomba puesta por Goa’uld. y Daedelus debe avisar de esto a Atlantis. Mientras, dos Wraith viajeros se dirigen a la ciudad antigua y un saboteador es desenmascarado.
Un vuelo de pruebas resulta en un accidente en el que la nave se estrella en el mar y deja a McKay atrapado dentro de la nave. McKay debe entonces confiar en Samantha Carter para salvarse.
El equipo encuentra una réplica del Atlantis en un planeta que están explorando. El planeta está protegido por El Protector quien utiliza la tecnología para mantener el orden y a los Wraith alejados.
El equipo descubre dos naves combatientes alienígenas orbitando una luna, y Sheppard y Weir se enfrentan el uno al otro cuando los ocupantes de las naves toman control de sus mentes.
La tripulación del Atlantis se da cuenta de que los Genii han evolucionado y se han convertido en una nueva amenaza, y consideran que el armisticio con su viejo enemigo pronto llegará a su fin.
Asediado por la amnesia y las pesadillas en las cuales él es un Wraith, el teniente Michael Kenmore se da cuenta de que recuperarse del ataque Wraith no es el único de sus problemas.
En este capitulo el doctor McKay deberá salvar al equipo que ha quedado atrapado en un planeta en el que un súper volcán esta a punto de entrar en erupción, conseguir escapar no será tarea fácil.
Los Wraith intentaran una tregua con el equipo Atlantis. Michael, el Wraith que intentaron convertir en humano regresa para buscar el retrovirus y usarlo contra los enemigos en la guerra civil.
