Antes de que existiera Superman, existió un joven llamado Clark Kent. En plena adolescencia, sin gafas, sin poderes y sin saber volar, el joven Kent vive su vida de estudiante en un pequeño pueblo del estado norteamericano de Kansas.
Así comienza Smallville, serie dedicada a contar los años juveniles del que más tarde se convertirá en Superman. Protagonizada por el guapo Tom Welling (Doce en casa), que da vida al joven aspirante a superhéroe, la producción combina el realismo y la aventura al servicio de un argumento que deja pistas sobre el futuro del protagonista.
Clark Kent llega desde el planeta Krypton durante una lluvia de meteoritos y crece junto a sus padres adoptivos, Jonathan y Martha, en la pequeña localidad de Smallville. Sus mejores amigos y compañeros de clase son Pete Ross, Chloe Sullivan y Lana Lang, una popular animadora que no sabe que Clark está enamorado de ella. Clark hace también amistad con Lex Luthor tras salvarle la vida, pero las cosas se ponen difíciles cuando Jeremy Creek, que ha pasado doce años en coma a causa de la lluvia de meteoros que trajo a Clark a la Tierra, vuelve a la vida con extraños poderes causados por una gran descarga eléctrica.
Clark descubre que Greg Arkin, un estudiante, ha sido atacado por un insecto afectado por radiaciones de kryptonita y está pasando por el ciclo de vida del animal: alimentarse, mutar de piel, reproducirse y morir, con Lana como su presa. El joven Superman tendrá que salvar a Lana sin desvelar que tiene superpoderes.
En contra de la opinión de su padre, Clark entra a formar parte del equipo de fútbol, donde descubrirá que el entrenador Arnold posee unos extraños poderes incendiarios a causa de la kryptonita que utiliza contra todo aquél que pueda evitar que su equipo gane. Mientras, Lex lucha con su padre por hacerse con el control de LuthorCorp.
Clark descubre y empieza a probar su visión de rayos x, siendo primero testigo de cómo su amigo Lex roba un banco y, después, descubriendo a una chica con una interesante habilidad para cambiar de forma que parece que pretende atacar a Lana.
Gracias a Lex, Clark tiene por fin una oportunidad para salir con Lana, pero la velada es interrumpida por Sean Kelvin, un asesino afectado por la kryptonita que sufre una hipotermia permanente y roba el calor de los cuerpos de los demás, y que esta vez tiene a Chloe.
Clark conoce a una mujer, Cassandra Carpenter, que tiene visiones del futuro, y Lex trata de utilizarla para conocer el suyo y para averiguar algo más del secreto de su amigo; mientras, un anciano descubre una fuente de juventud que le transforma en un adolescente y decide vengarse de los descendientes del jurado que hace años le mandó a la cárcel.
Clark tiene que salvar a Pete de una compañera de clase, Jodi Melville, que tras una dieta de vegetales afectados por la krytonita pierde peso mucho más rápido de lo normal y necesita saciar su apetito de la forma que sea. Mientras, Lex se acerca un poco más al secreto de Clark analizando restos del meteorito verde.
Earl Jenkis, antiguo empleado de Luthor Corp's, intenta demostrar que la extraña enfermedad que padece fue producida por los tóxicos que inhaló cuando trabajaba en el Nivel 3 de la fabrica utilizando unos potentes fertilizantes. Como quiera que Luthor niega la existencia del citado Nivel 3, Jenkisse encierra en la fabrica con Clark y sus compañeros como rehenes, circunstancia que el joven Kent aprovechará para descubrir la verdad.
La identidad secreta de Clark está en peligro cuando Sam Phelan, un policía corrupto, le ve usando sus poderes y le obliga a colaborar con él. Cuando Clark le traiciona, no está preparado para las consecuencias que su acción tendrá sobre él y su familia. Mientras, Lex recibe una sugerente oferta de su ex novia.
La obsesión de la adolescente Amy Palmer por Lex llega a ser peligrosa cuando un ataque a la mansión Luthor hace que Clark se enfrente a un enemigo invisible. Por otro lado, Clark está encantado de que Lana busque su compañía después de que, incompensiblemente, Whitney la alejara de él.
Clark se sorprende cuando un magnate local de los pesticidas, cuyos poderes de persuasión han sido incrementados por la kryptonita, convence a Jonathan de vender sus tierras para construir en ellas una nueva planta. Clark se unirá al ermitaño local, Kyle Tipper, cuyo misterioso pasado guarda la clave del futuro de la ciudad.
Durante una tormenta eléctrica, Clark rescata a su compañero Eric Sumers, pero les alcanza un rayo que transfiere todos los poderes de uno al otro. Al principio, Clark está contento de poder ser por fin un adolescente normal, pero después empieza a preocuparse cuando Eric empieza a utilizar sus nuevos dones para divertirse, poniendo a otros en peligro. Mientras, Lex está seguro de tener las pruebas definitivas de los superpoderes de Clark y le enfrenta.
Rociando con kriptonita líquida sus cuerpos, tres jóvenes delincuentes consiguen hacerse invisibles y, en ese estado realizar cuantas fechorías deseen
Lex sufre, cuando regresa a Smallville un antiguo enemigo, las consecuencias de un escándalo de su pasado.
Clark debe resolver el enigma de la misteriosa flor Nicodemus, que tras infectar a los residentes de Smallville removiendo sus inhibiciones -Jonathan se convierte en un teleadicto, Lana intenta seducir a Clark y Pete trata de asesinar a Lex- los hace caer en un coma mortal.
Después de que Martha accidentalmente atropelle a un muchacho con su coche, los Kent lo cuidan hasta que puedan ubicar a sus padres, sin sospechar que el muchacho puede leer las mentes y ha descubierto los pensamientos secretos de Lex , Lana, Jonathan y Martha, lo que pone al secreto de Clark en peligro. Mientras tanto, Lex debe decidir si quiere tomar la oferta de trabajo de su padre para mudarse de nuevo a Metropolis.
Clark debe detener a un joven infectado con kriptonita que busca aliviar el sufrimiento de los ancianos y enfermos convirtiéndolos en cenizas. El padre enfermo de Whitney puede ser su próxima víctima. Mientras tanto, Lex está furioso cuando su padre envía a alguien a revisar los archivos financieros de LuthorCorp y este hombre revela la investigación secreta de Lex hacia Clark y su familia.
Clark ve la elección para presidente de la clase como una oportunidad para ser "un chico normal", pero cuando sus contrincantes son sistemáticamente atacados por un enjambre de abejas, Clark sospecha que un candidato está eliminado la competencia uno por uno, y él es el próximo en la lista.
Clark se enfrenta a un enemigo inesperado cuando un talentoso estudiante de arte regresa a la escuela después de que un accidente le quitara el uso de sus manos pero le diera el don de la telequinesis; y está buscando venganza contra quien considera responsable. Mientras tanto, Lana se vuelve celosa tras ver a Clark con Chloe, y empieza a cuestionar su relación con Whitney.
Clark y Lana corren contra el tiempo para encontrar a una secuestrada Chloe, después de que una explosión le dé a Lana la habilidad para 'ver' a través de los ojos del secuestrador; y ve a Chloe siendo enterrada viva. Mientras tanto, Lex descubre la evidencia de que una nave espacial aterrizó en Smallville durante la lluvia de meteoritos.
Un masivo tornado acercará la sospecha a la cuidad de Smallville, cuando Clark intente buscar una pieza desaparecida de la nave espacial que le trajo a la tierra. Clark activará con destreza esa pieza estropeada, dándole este hecho las primeras claves para conocer su origen , de donde procede. Mientras tanto Lex vivirá dos experiencias que perturbarán su vida; su padre Lionel cerrará la planta y ordenará a Lex que regrese a Metrópolis, además Lex alquilará un reportero sospechoso para espiar las habilidades suprahumanas y la nave espacial que podría estar escondida en el sótano.
Clark rescata a Lana del centro de la tormenta y se da cuenta de que la misma tormenta ha enterrado a su padre junto al reportero sin escrúpulos que ha descubierto su secreto. Mientras tanto, Lex se ve abrumado por los cargos sobre su padre.
Clark debe esconderse porque ha descubierto un nuevo poder que está fuera de control y con el que ha herido accidentalmente a Lana. Por otro lado, una nueva profesora utiliza feromonas mejoradas con kryptonita para convencer a Lex para que se case con ella y hechizar a Jonathan. Clark debe buscar una manera de controlar su nuevo poder a tiempo para evitar que Jonathan asesine a Lex.
Pete descubre una nave espacial en el maizal. Clark se enfrenta a sus padres y revela su secreto pero es sorprendido por la reacción de su mejor amigo, algo que le hace cuestionar la lealtad de éste.
La escuela usa, sin saberlo, Kryptonita roja y su efecto en Clark sorprende a sus amigos y familiares porque se convierte en un adolescente rebelde y peligroso que decide utilizar sus poderes para hacer el mal. Jonathan y Martha intentan descubrir por qué Clark se comporta de esa manera. Mientras, Lana se siente atraída hacia el nuevo Clark, quien, además, declara su amor por ella.
Clark se preocupa cuando descubre que alguien ha estado dejando cartas de amor para Lana en la tumba de sus padres y le advierte que se aleje del misterioso poeta. Harta de sentirse sobreprotegida por Clark, Lana sigue al apuesto extraño hasta su casa y descubre que sus padres lo tienen encadenado. Una sorprendente circunstancia que hace que Clark y Lana irrumpan en la casa para intentar salvar al muchacho. Pronto se darán cuenta de los motivos por los que el joven estaba encadenado.
La granja está pasando apuros financieros. Martha recurre a su padre, del que se había distanciado, para pedirle ayuda. Clark está emocionado con la idea de conocer a su abuelo, pero Jonathan no quiere ir. Esta negativa obliga a Clark a forzar una reunión que no resulta ser como lo planeado. Mientras, Lana descubre una vieja fotografía que sugiere que su padre podría estar vivo.
Una misteriosa mujer aparece en Smallville diciendo que es la madre biológica de Clark. Esto obliga a los Kent a contarle la verdad a Clark. Clark descubre por qué su padre odia a los Luthor, cómo fue arreglada su adopción y quién rescató, realmente, a Lex del borde de la muerte.
Clark usa sus poderes para salvar a su joven y telepático amigo Ryan de las manos de un malvado doctor que quiere controlar las habilidades del muchacho. Mientras, Nell le dice a Lana que van a mudarse a Metrópolis.
Clark intenta advertir a Lana y a Chloe sobre Ian, un magnífico estudiante que está saliendo con las dos chicas a la vez. Ellas acusan a Clark de celos y, más tarde, demasiado tarde, se dan cuenta de que Clark tenía razón. Mientras tanto, Lex está muy enfadado con su padre y pierde los estribos cuando destroza el coche de un vigilante de seguridad del parking. Lex decide ir a una clase de control de temperamento donde conoce a una mujer muy interesante.
Clark y Pete van a hacer motocross. Clark se cae en una cueva y descubre dos tesoros: escrituras indígenas antiguas que esconden la clave de su identidad y una hermosa muchacha que cree que es su alma gemela. Desesperado por conservar las escrituras, Clark provoca un enfrentamiento entre padre e hijo cuando pide ayuda a Lex para evitar que la constructora de Lionel demuela las cuevas.
Whitney regresa a casa buscando retomar su relación con Lana, pero su comportamiento, bastante sospechoso, hace que Clark se cuestione sus verdaderos motivos, revelando, finalmente, la verdad. Lex comienza a sospechar de su nueva novia cuando descubre una foto de ella con Lionel.
Después de que Lex descubre que Lionel ha instalado cámaras ocultas en la mansión. Lex contrata a una matón para tener vigilancia en la oficina de Metrópolis de Lionel. Sin embargo, la situación estaba fuera de control cuando Lionel y Martha sorprenden a los intrusos y los toman como rehenes. Desesperado por buscar una manera de salvar a su madre sin exponer sus poderes, Clark debe acceder a la oficina por el edificio adyacente, si puede saltar en un solo salto.
Después de que Lionel recibe un disparo y está herido, Jonathan es arrestado. Pero Clark y Pete realizan su propia investigación sobre el lugar del crimen y descubren que fueron por lo menos dos personas las que intentaron herir a Lionel. Mientras tanto, Lana se vuelve desconfiada cuando su padre, que es abogado, misteriosamente, rechaza la petición para defender a Jonathan.
Un parásito infecta a Pete y a Chloe y les hacer ser atrevidos y amantes de lo arriesgado. Pete utiliza las rocas del meteorito rojo para convencer a Clark de ir todos juntos en busca de una aventura peligrosa. Clark, no sólo hace alarde de sus poderes, sino que también, besa a Chloe en presencia de una Lana que no da crédito a lo que está viendo.
El hijo ilegítimo de Lionel Luthor regresa a Smallville para reclamar su lugar en las empresas de la familia, lo que conseguirá rápidamente. Por este motivo, su hermano Lex, hasta el momento el único heredero, se verá desposeído de su fortuna y arrojado de la casa familiar. Clark, consciente del sufrimiento de su amigo, investigará a Lukas con la ayuda de Chloe.
Marta está seriamente enferma por la polvareda de meteoritos y Clark y Jonathan intentan ayudarla desesperadamente. Pero Clark termina infectándose también y decide averiguar cómo puede ser su vulnerabilidad. Solo un milagro puede salvar a Clark y a su madre. Mientras, Lex se enfrenta a sus sentimientos hacia Helen mientras ella se plantea aceptar un puesto de trabajo muy atractivo en una investigación fuera de la ciudad. Chloe y Lana se enfrentan a la impensable posibilidad de perder a Clark para siempre.
Clark sigue intentado averiguar sus orígenes. Para ello viaja hasta Nueva York para conocer al Doctor Swann, un científico brillante que tiene un mensaje para Clark sobre su planeta de nacimiento, Mientras, Lana decide dejar de vivir en la casa de Chloe después de que las dos chicas se metan en sus asuntos con Clark.
Un compañero de colegio, Cyrus Krupp, afirma que es un alien y lo intenta probar con una corazonada. Clark investiga y empieza a creer que ese chico también es de su mismo planeta de origen, Krypton. Mientras, Helen descubre que hay alguien encerrado en la mansión de los Luthor. Lex duda sobre la veracidad de la investigaciones que está llevando a cabo Clark.
Clark presencia cómo tres jóvenes de la ciudad intentan lastimar a Lana y, Clark sin medir las consecuencias, se enfrentará con ellos para que huyan. Horas más tarde, los Kent recibirán una demanda judicial en la que se les pide una indemnización de un millón de dólares por los daños causados por su hijo Clark a uno de los jóvenes o, en caso de insolvencia, el encarcelamiento de autor de las lesiones.
Dos alumnos del Instituto de Smallville roban una carga de meteoritos de la Luthor Corporation para convertirlos en líquidos e inhalarlos, cada vez que su organismo requiera una dosis extra de energía. Clark que presenció el robo, intentará descubrirlos sin exponerse a la kriptonita par no perder sus poderes.
Lana recibe la visita del fantasma de una amiga de su infancia, ella acude Clark para pedir ayuda y descubrir la verdad sobre la extraña visita. Clark descubre que la pequeña chica es, en la actualidad, una procesadora de clones de Kryptonita y que el debe darse prisa para salvar a Lana antes de que la hiera.
El doctor Fredrick Walden, un famoso lingüista que fue herido mientras estudiaba unas cuevas, despierta sorprendentemente de un profundo coma. Se dan cuenta de que posee unos fantásticos poderes y le envían a una peligrosa misión. Mientras, Lana ayuda a Clark a celebrar su cumpleaños de una forma muy especial. Lex y Helen tienen muchas dudas y mucho estrés porque están preparando su boda.
En este último capítulo, Clark descubre algo asombroso sobre sus orígenes y se enfrenta a la disyuntiva de su vida. Mientras, Clark y Lana toman la difícil decisión de romper su relación con Chloe. Lionel vuelve para acabar con el misterio de las escrituras de la cueva. La boda de Lex y Helen terminará siendo el acontecimiento más dramático que nadie haya visto jamás.
Después de la explosión ocurrida en la granja de los Kent por intentar destruir la nave especial Marta sufre un aborto, a causa del anillo rojo de Kriptonita que altera la mete de Clark Kent y se extravía en Metrópolis. Clark se embarca en una importante misión, encomendada por Morgan (Rutger Hauer), jefe del mundo terrenal, el robo de Luthor Corporation. Mientras tanto, en una desierta isla tropical, Lex ha sobrevivido al accidente aéreo del Jet privado de la compañía, sin saber lo que le había sucedido a su esposa, la doctora Helen Bryce (Emmanuelle Vaugier) y al piloto. Al mismo tiempo que el funeral tiene lugar en Smallville, Lex lucha contra el otro naufrago del accidente, el cínico Luois Leery Jr. y le mata violentamente. Lex es rescatado cuando un marinero ve el fuego que ha hecho en la isla, es entonces cuando Lex descubre que la pelea con Luis había sido una alucinación.
Tras recibir superpoderes de Jor-el, el padre adoptivo de Clark, Jonathan, le descubre implicado en una pelea en lo alto de un edificio. Jonathan está decidido a combatir la alteración que provoca en su hijo adoptivo el anillo de kriptonita.
Clark descubre que alguien está asesinando a las personas que se han visto afectadas por los meteoritos. El próximo objetivo del asesino es Lex. Clark utiliza sus poderes para salvar a Lex, pero le pillan con la guardia baja cuando el asesino se da cuenta de cuál es su punto flaco y le dispara con una bala de kriptonita.
Clark sueña que es perseguido por una joven asustada que necesita su ayuda. Sin embargo, tras descubrir que la joven de su sueño es la aparición de una vecina en estado de coma desde hace años, Clark decide pedir ayuda a lana para descubrir la verdad de lo que pasó.
Perry White, una promesa del periodismo cuya carrera fue destruida por Lionel Luthor, llega a Smallville en busca de historias de alienígenas para su periódico. Perry está convencido de haber visto a Clark usando sus poderes.
El tío abuelo de Lana, Dexter, que hace 40 años fue condenado por el asesinato de su esposa, le enseña una fotografía de quien él considera es el verdadero asesino. Lana se queda de piedra al comprobar que el asesino se parece mucho a Clark.
Clark comienza a sospechar algo cuando Lana, de repente, se siente atraída por un compañero de clase, Set Nelson, y comienza a actuar de forma un tanto desenfrenada. Este extraño comportamiento lleva a Lana a prisión. Los temores de Clark se ven confirmados cuando descubre que el nuevo novio de Lana tiene poder magnéticos, gracias a los cuales puede mover objetos y alterar las emociones de las personas.
Lex logra localizar a Morgan, que se ha sometido a una operación de cirugía para reconstruirse el rostro. En el encuentro entre ambos Lex trata de que Morgan sus relaciones criminales con Lionel. Pero antes de que pueda comunicar su descubrimiento a las autoridades alguien trata de asesinarlo.
Lex se consume en lo confines estériles del sanatorio Belle Reve, donde su padre le ha enviado. Maquinando como escapar y probar su cordura, Lex se ve envuelto con tres internos quienes son tambien vengativos ex residentes de Smallville: el homicida Van McNulty, Eric Summers (quien poseyó temporalmente los poderes de Clark una vez) e Ian Randall (quien puede dividirse físicamente en dos personas).
Mientras trata de evitar un robo, Clark proyecta con sus ojos una ráfaga de calor que accidentalmente rebota en un trozo de Kryptonita, causándole ceguera temporal. Él pronto descubre que su cuerpo ha desarrollado un oído extremadamente sensible por su pérdida de visión. Pero como todos sus otros dones, Clark no sabe muy bien como controlar el nuevo poder al principio.
Clark y Lana tratan de matar a Chloe por razones desconocidas después de recibir un misterioso e-mail del Instituto Summerholt. Clark tiene que descubrir la procedencia de estos e-mails después de que Chloe revele que ella ha descubierto pruebas de que el laboratorio está envuelto en investigaciones sobre el control de la mente y que alguien quiere evitar que ella escriba un artículo sobre el tema.
Clark descubre que Jordan, su compañero de clase, puede predecir el futuro, y horrorizado cuando Jordan predice que Lana morirá en un incendio en los próximos días. Mientras, recelosa de la conducta de Adam, Chloe investiga su pasado y descubre algunos inquietantes hechos.
Después de que Peter se enfrentase a los promotores corruptos de carreras callejeras que querían que él perdiese a propósito, los matones que llevan las carreras ilegales amenazan su vida. Pete le pide a Clark que use sus poderes para detenerlos.
Clark se ve obligado a utilizar sus poderes delante Alicia, una chica nueva en el colegio, pero se sorprende al descubrir que ella tiene sus propios poderes. Los dos desarrollan un lazo de unión al compartir su secreto, pero la situación se complica cuando Alicia se vuelve obsesiva y no desea compartir a Clark con nadie más, especialmente con Lana.
Mientras su padre espera para ser operado, Clark se hace amigo de un chico, Garret, cuyo hermano se está muriendo por un fallo en el hígado. Sim embargo, todo el mundo se impresiona cuando Vince pone de manifiesto en el hospital, vivo y aparentemente bien, que su hígado empieza a fallar otra vez.
Clark recibe una llamada de pánico de Lana y oye un disparo antes de que la comunicación se interrumpiese. Pero cuando la encuentra, se sorprende al descubrir que está viva y bien. Después de investigar con Chloe y Pete, Clark se da cuenta de que lo que ha oído aún no ha sucedido.
Cuando Jonathan actúa de manera extraña, Clark cree que su padre de Krypton, Jor-El está enviando mensajes a Jonathan y esa es la causa de la actitud de su padre con su familia. Clark baja a las cuevas para enfrentarse con su padre biológico, pero Lionel le descubre y empieza a unir las piezas.
Cuando Chloe inhala accidentalmente un misterioso gas, descubre que le da la habilidad de conseguir la verdad de cualquiera que la toque y va a la granja de los Kent para descubrir el secreto de Clark. Pero este nuevo poder también va acompañado de consecuencias.
Para recuperar la información sobre el pasado de su padre que perdió cuando se quedó sin memoria, Lex se une a un programa experimental que dirige el Dr. Garner. Clark, sabiendo que Lex puede recordar el secreto de sus poderes, trata de impedírselo. Lionel y Garner capturan a Clark y le exponen al mismo tratamiento con el fin de desvelar su secreto.
Cuando un Kawatche, Jeremiah Holdsclaw roba un cuchuillo mítico de las cuevas, este le concede superpoderes parecidos a los de Clark. Por ello llega a creer que es el salvador Naman “ el hombre que vino de las estrellas”. Clark intente recuperar el cuchillo antes de que Jeremiah lo utilice contra Lionel y así cumplir con una antigua profecía.
Clark decide contarle a Lana su secreto para poder así estar juntos. Mientras tanto un agente del FBI secuestra y tortura a Pete para que revele el secreto de Clark. Lex está aterrado después de que el FBI le de 24 horas para contarles información sobre su padre o ir a la cárcel pero la ayuda llega de forma inesperada.
Kara, una chica guapa que posee superpoderes y dice ser del planeta Kripton, intenta convencer a Clark para que acepte su destino. Clark pide a sus padres consejo pero se sorprende cuando Kara obliga a Jonathan a revelar el trato que hizo con el padre biológico de Clark. Este hace un descubrimiento que redefine su relación con Lex, y su relación con Lana pasa a otra fase. Mientras tanto le investigación del FBI desencadena la última pelea entre Lex y su padre.
La prima de Cloe, Lois Lane se traslada a Smallville para investigar la muerte de su prima. En su viaje atropella a Clark que sufre una pérdida de memoria. Desconcertada le lleva al hospital en el que se encuentra internado Jonathan. Esta coincidencia es la que le permite a Marta reencontrar a su hijo e intentar que se aleje de su otro yo -Kal El.
Clark y Lois se unen para investigar la muerte de Cloe. Al visitar la tumba Clark descubre que está vacia. La oposición del padre de Lois, a que hurgue en la muerte de Cloe despierta sus sospechas de que algo raro sucede en la desaparición de su prima.
Abigail (Brianna Lyn Brown) siempre ha sido considerada como el patito feo de la clase, hasta que un día llega convertida en un todo un cisne. La joven, que ha pasado por una operación de estética realizada por su madre, descubre que cuando alguien le hace daño y la besa, a esa persona le sucede algo posteriormente. Esto hace que la joven decida vengarse de Lana.
Clark se une al equipo de fútbol del colegio y debido a su buen juego enseguida le nombran quaterback. La actitud de algunos jugadores sorprenden a Lois y a Clark que deciden investigar a las animadoras, pronto descubren que están envenenando el agua de los jugadores.
Clark está sorprendido porque alguien acaba de robar la cartera a su padre y no puede alcanzarle. Se trata de un joven más rápido que él, quien le propone que deje a su familia para vivir juntos una vida comoda, sin problemas. Mientras Lex está encantado acaba de comprar un manuscrito de gran valor en San Petersburgo que fascina a Clark porque en su interior hay símbolos kriptonianos.
Una poderosa señal impulsa a Clark a ir a la prisión, justo a tiempo para evitar que Lionel hiera a Lex. Al evitarlo las personalidades de ambos se transfieren causando graves problemas a las relaciones de Clark con sus padres y amigos.
Cloe juega a las apuestas clandestinas para poder conocer mejor los entresijos y conseguir un gran reportaje. Pero el corredor de apuestas resulta ser una persona muy especial. Se trata de un estudiante extranjero que ha conseguido la becaLuthor. No es un buen estudiante pero posee poderes para controlar a la gente. Con estos poderes espera controlar a Clark y a Cloe. Pero esta última investiga y consigue neutralizar los poderes de Mijail.
Lana sigue curioseando sobre lo que pasó en París cuando visitó la tumba de la condesa. Pronto su curiosidad se ve satisfecha cuando encuentra un libro sobre la condesa. La historia dice que murió en la hoguera condenada por brujeria junto a sus dos amigas. Lana hace una especie de hechizo que la convierte junto con Cloe y Louis en las antiguas brujas. Su objetivo es que Clark las lleve a la cueva donde se encuentran los símbolos kriptonianos.
Lex es el único sospechoso del homicidio de una joven. Todas las pruebas le muestran como autor del crimen. Pero con la ayuda de Cloe Clark descubre la identidad de la asesina. Esta investigación le muestra aspectos distintos de Lionel y Lex. Mientras visita a Lana la madre de Jason. Su visita sorprende a Lana.
Uno de los experimentos de Lex causa graves problemas en Smallville. Es tan poderoso que los amigos y los padres de Clark están a punto de perder la vida. Las sensaciones son de pánico y atraen los recuerdos más dolorosos afectando negativamente al corazón. Afortunadamente Clark y Lex se ofrecen para probar el antídoto y consiguen frenar la epidemia.
El psiquiatra que trata a Alicia cree que está en perfectas condiciones y le da el alta, el único requisito es que debe llevar un brazalete en la muñeca de manera que siempre esté localizada. Lo primero que hace es volver a Smallville y visitar a Clark. En un principio, teme que Alicia vuelva a las andadas, pero poco a poco está encantado de encontrar a alguien que conoce su identidad. Sim embargo Alicia espera más de esta relación y sabiendo la influencia que la kriptonina roja tiene sobre Clark le coloca un collar de este material para manipularle.
Alguien intenta asesinar a Jason y a Lana y todas las sospechas recaen en Alicia. Clark encuentra dificultades para defenderla, especialmente después de su comportamiento en Las Vegas. Alicia intenta que Clark descubra su secreto pero este se niega. Por otra parte Alicia está ofendida con Cloe porque la trata de culpable solo porque posee determinadas habilidades. Piensa que si supiera como es Clark actuaria de manera diferente.
Clark se traslada a la universidad de Metropoli, donde todo son agasajos, con el fin de que se incorpore al equipo de la universidad. Aunque todo parece ir sobre ruedas, Clark intuye que algo no funciona adecuadamente. Se trata del jugador más importante dotado de poderes especiales los cuales utiliza para conseguir sus objetivos. Por su culpa Lois está a punto de meterse en un gran lio, todas las pruebas la muestran como sospechosa de la muerte de un jugador. En su intento de aclarar las cosas, Lois está a punto de perder su vida. Clark decide que debe abandonar el equipo lo que agrada a Cloe.
Lois atropella a un perro y se lo lleva a la granja de los Clark, con los que está pasando una temporada. Se trata de un perro que tiene superpoderes y que puede causar importantes daños por lo que sus padres no quiere que se quede en casa. Clark y Lois investigan y descubren que una banda les está suministando un polvo de meteorito con un asteroide para hacerle más peligroso. A pesar de su fiereza Clark consigue que el perro no le cause ningún daño.
Lana se traslada a Shangai siguiendo las huellas de Jason. En este viaje le acompaña Clark. Jason se encuentra con Lex, su objetivo es encontrar más pistas sobre el famoso cuadro que encontró en San Petersburgo y que da pistas sobre "Isabel". La visita a un templo chino pone a nuestros amigos en graves problemas debido a que Lana se convierte en Isabel para conseguir la preciosa piedra.
La hermarna pequeña de Lois se traslada a Smallville para reunirse con su hermana. Se trata de una brillante joven que estudia en Suiza y que atraviesa en este momento por serios problemas. Debe una fuerte cantidad a un prestamista mafioso y Lex decide ayudarle a saldar la deuda. Esta visita servirá para que las hermanas se conozcan más.
Una explosión de kryptonita, resultado de un experimento fallido, parte a Lex en dos. Su lado malo - Alexander - es revelado e inmediatamente encarcela a Lex en la mansión. Así Alexander empieza a tomar posesión de todo, inclusive trata de matar a Clark y Chloe, convence a Lionel que vuelva a su lado oscuro y finalmente, amenaza con cerrar el Talón, a menos que Lana lo acepte como novio.
Chloe ha sido nominada a "Reina del Baile" e intenta convencer a Clark y Lana de que vayan al Baile con ella, pero su rival, una reconocida animadora del equipo de fútbol, sufre un accidente y su espíritu es liberado, así toma los cuerpos de otras personas y comienza su venganza.
A causa de un incidente con un joven que tiene la capacidad de borrar los últimos 5 minutos de la personas, Clark pierde la memoria y se ve obligado a enfrentarse a sus poderes, sin saber que los tiene, mientras Chloe intenta protegerlo y ayudarlo a recuperar sus recuerdos.
Lana y Clark se convierten en padres adoptivos de un extraño niño que ha sido encontrado en medio de los maizales, todo seria normal, pero el pequeño comienza a crecer rápidamente, llamando la atención de todos. Clark pide ayuda a Lex, pero no hay forma de ayudarlo sin un transplante de algún familiar, por lo que Clark decide comenzar su búsqueda.
Clark deberá detener al fotógrafo de la escuela, quien trastornado por el fin de clases decide comenzar a secuestrar a los estudiantes, para que estos vivan en ella para siempre. Lionel y Lex son secuestrados por Jason y su madre, quienes quieren recuperar la piedra, pero al darse cuenta de que la tiene Lana, decide poner punto final a la búsqueda.
Comienza la cuenta atrás, nuevamente meteoritos se dirigen a la Tierra. Clark tiene una pesadilla en la que presiente que algo horrible va a suceder y se dirige a la cueva en busca de alguna respuesta por parte de Jor-el, su padre biológico, quien le dice que debe reunir las tres piedras inmediatamente, sino un desastre catastrófico caerá sobre la tierra. Lex ayuda a Lana a escapar, luego que ella matara a la madre de Jason, poseída nuevamente por Isabel. Chloe intenta que Lex no descubra la verdad sobre Clark, al descubrir que esas piedras están conectadas directamente a él. Jasón toma cómo rehén a Jonathan y Martha y obliga a Jonathan a que le diga dónde Clark guarda las piedras, sino matará a Martha. Mientras esto sucede los meteoritos están cada vez más cerca y ni siquiera Clark podrá detenerlos. Ocurrirá lo más inesperado en la tierra, la que se verá amenazada, por algo más que sólo meteoritos...
