Fenómenos es una serie sobre un detective de "milagros" que, cansado de ver como se tambalean su propias creencias se embarca en el viaje más sorprendente de su vida. Como investigador de fenómenos extraños, Paul (Skeet Ulrich) siempre acaba con el mismo resultado: una explicación convencional y una multitud de creyentes decepcionados. Su propia fe va flaqueando cada día y su única creencia es que "todos estamos solos". Entonces ocurrirá algo que lo cambia todo.
Paul Callan investiga el caso de un niño que parece tener poderes para curar a la gente. Pero el niño está enfermo y siempre que usa sus poderes para curar, su propia salud se deteriora.
Los pasajeros de un avión experimentan una serie visiones, fantasías y otros sucesos extraños cuando el avión desaparece temporalmente del radar. Sodalitas, junto con Paul, investigan el fenómeno.
Una mujer paralizada por una enfermedad puede comunicarse por medio de su ordenador y parece saber exactamente cómo curar su enfermedad. Piden ayuda a Paul para descubrir qué es lo que pasa.
Una misteriosa niña aparece en la escena de varias tragedias justo antes de ocurrir. Paul piensa que el espíritu de la niña es el causante de tales desgracias y busca la manera de aplacar al espíritu.
Sodalitas Quaerito decide investigar una serie de misteriosos asesinatos después de recibir una terrible llamada telefónica. Paul encuentra a Travis, el posible centro de las muertes violentas.
Una mujer ha sido asesinada en su casa, dejando atrás su diario, donde había escrito, con su propia sangre, el nombre de Paul y su imagen junto a la frase "Dios está en ninguna parte".
Una ex-novia de Paul está convaleciente. Mientras cuida de ella, Paul recibe las vibraciones negativas de la casa en la que ella vive. Alva y Evie son lo únicos que podrán salvarle de él mismo.
La hija de Jennifer, Joanie, ha sido tomada como rehén por uno de los estudiantes de su colegio. Mientras, Malloy se entera de que han apaleado a la prima de su mujer, Tiffany, en su burdel.
Éste es el caso de Hannah, una adolescente de la comunidad Amish que de pequeña se ahogó y su madre la consiguió salvar. En ese momento su cuerpo quedó habitado por dos almas. Ahora una debe marchar.
Los SQ son llamados a investigar después de que una mujer haya sido, al parecer, milagrosamente curada después de haber sido degollada durante un robo. Pronto Paul y Evelyn descubren su secreto.
Paul y su equipo investigan la oficina de una inmobiliaria que parece estar encantada. Descubren que el dueño, Larry, piensa que es el fantasma de su hijo, pero está muy equivocado.
Un amigo de Paul comienza a recibir cartas de su difunto padre. Paul sigue la pista de las cartas y da con un preso en pena de muerte (un asesino a sueldo), el asesino del padre de su amigo.
Cuando Paul comienza a ver el fantasma de Tommy, SQ investiga a un médium de la televisión. Descubren que es un farsante, pero entonces el médium tiene una verdadera visión sobre Paul.
