Bones es una serie inspirada en la vida real de la antropóloga forense y novelista Kathy Reichs y que protagonizan la guapa actriz californiana Emily Deschanel (El Alamo) y el actor neoyorkino, que dio vida al vampiro con alma Angel, David Boreanaz. La doctora Temperance Brennan (Emily Deschanel, Cold Mountain), una antropóloga forense muy cualificada que trabaja en el Instituto Jeffersonian, a la vez que escribe novelas como actividad suplementaria.
Además de estas actividades, las fuerzas de la ley recurren a ella para que les ayude en algunas investigaciones de asesinatos, en donde los restos humanos encontrados están en avanzado estado de descomposición, quemados o destrozados y cuando los habituales métodos de investigación son completamente inútiles. La especialidad de Brennan reside en su habilidad para descubrir pistas que hayan podido quedar en los restos óseos de la víctima.
La Doctora Temperance, más conocida como Bones, regresa a Estados Unidos tras un periodo trabajando en Guatemala. Nada más llegar a su país Bones es requerida para investigar el caso de un cuerpo encontrado en un lago. En seguida, Bones es capaz de descubrir ciertos aspectos de la victima como, por ejemplo, su edad o que era un jugador habitual de tenis. El cuerpo es trasladado al centro de investigación donde Bones es la jefa de un equipo dedicado a examinar cadáveres a través de todo tipo de medios electrónicos e informáticos. Incluida una recreación por holograma de la victima.
Durante una conferencia Arabe-americana un hombre sale a toda prisa del edificio donde se produce dicha reunión. El hombre con claros rasgos árabes tiene varias lesiones en su cara. Tras subirse en un coche comienza a recibir llamadas telefónicas que le ponen cada vez más nervioso. Al parar en un semáforo el coche explota por los aires causando la muerte inminente de su conductor.
Un cuerpo sin identificar aparece colgado de lo alto de un árbol en un colegio privado. Su estado de corrupción impide identificarlo pero la Doctora Temperance puede deducir que lleva allí colgado varias semanal. La cuestión toma un cariz aún más serio cuando se descubre que el cuerpo pertenece al hijo de los embajadores de Venezuela en Estados Unidos.
Una veterinaria halla una mano en el interior de un oso, en un pequeño pueblo del estado de Washington. El agente Booth debe hacerse cargo del caso ya que es necesaria la ayuda de la doctora Brennan para determinar la identidad de la víctima y los factores que intervinieron en su muerte. Juntos viajan hasta allí, donde descubren pistas que les indican que la mano encontrada, perteneciente a Adam Langer, es tan sólo una prueba de que existe un caníbal suelto por el pueblo.
El agente Booth interrumpe una charla de la doctora Temperance a unos estudiantes de Antropología porque necesita la colaboración de su equipo para analizar unos restos humanos, y determinar si corresponden a Charlie Sanders, un niño de 6 años que desapareció en los alrededores de un parque. Todo el equipo de la doctora Huesos trabaja en el laboratorio estudiando los restos humanos hallados en el parque para, finalmente, determinar que pertenecen al chico desaparecido. Las pruebas encontradas revelan también que el niño pudo ser víctima de una agresión sexual, algo que deben investigar para hallar al culpable.
Angela y la doctora Brennan acuden a un club afroamericano donde pincha el DJ más conocido de la ciudad. Brennan habla de música tribal para denominar el hip hop, lo que disgusta a un grupo de gente. La trifulca termina por romper una pared, en cuyo interior se halla un cuerpo momificado en el que se encuentran restos de droga.
Faltan 32 horas para que el condenado Howard Epps sea ejecutado mediante la inyección letal por la muerte de April Wright, una chica de 17 años, aunque él sigue manteniendo que es inocente. Su abogado, Amy Morton, hace una petición de última hora a Booth para reabrir el caso, puesto que fue éste quien le detuvo. Aunque Booth piensa que Epps es culpable, reconoce que el caso tenía algunos flecos sin cerrar, así que pide a Temperance Brennan y a su equipo que repasen las pruebas. La doctora encuentra irregularidades forenses en el caso, que deberá resolver antes de que se lleve a cabo la ejecución.
La doctora Brennan recibe la visita de Michael, un antiguo profesor de la universidad en la que estudió y con el que tuvo una relación más que cercana. El agente Booth informa a Brennan de la aparición de un cadáver en una nevera, y todo el equipo se pone a trabajar en el caso. Tras las investigaciones pertinentes, los expertos llegan a la conclusión de que se trataba de una chica joven con problemas familiares. Cuando Booth y Brennan acuden a interrogar a unos amigos de la víctima, reúnen pruebas suficientes para incriminarlos en la muerte de la chica.
Es Navidad y Brennan, Booth y el resto del equipo estarán en cuarentena en el Laboratorio luego de descubrir el cuerpo de un hombre en un refugio antinuclear. Angela ruega a Brennan que asista a la fiesta de Navidad de la empresa pero Brennan no está nada interesada. Llega Booth con algunas fotos de la escena del crimen. Dice que acaban de desenterrar un antiguo refugio antibombas en una propiedad del estado. Al abrir la puerta, encontraron un cadáver en su interior. Brennan mira las fotos e inmediatamente determina que fue suicidio.
La doctora Brennan y Booth viajan a Los Ángeles para investigar un caso en el que una chica ha sido encontrada descuartizada en una playa, cerca del aeropuerto. La labor de identificación se convierte en una tarea difícil ya que la mujer se ha sometido a varias operaciones estéticas. Por otro lado, la productora Penny Marshall está muy interesada en convertir en película el libro escrito por Temperance, y ésta acude a un cara a cara con ella en un plató de televisión. Penny queda fascinada por el entusiasmo y la profesionalidad que demuestra la doctora en su trabajo.
La doctora Brennan y Booth investigan el cuerpo de una mujer que ha sido quemada en su coche. Además, su hijo ha sido presuntamente secuestrado y el principal sospechoso es su padre, Carl Decker. Durante la investigación, las cosas se complican cuando se descubre que el sospechoso está integrado en el programa de protección de testigos.
Booth y Brennan buscan respuestas luego de descubrir que un fanático de las historietas que siempre vestía como súper héroe apareció muerto. Descubren restos de un esqueleto en el patio trasero de un conventillo. Asignan a Booth la investigación del caso. Booth solicita la ayuda de Brennan y sus colegas con la esperanza de que ellos puedan determinar la causa de muerte. Un primer examen de los restos putrefactos aporta el dato de que la víctima, vestida con un disfraz no identificado, es un adolescente.
Booth y Brennan relacionan dos cuerpos en estado de descomposición con una banda callejera de un vecindario conocido como El Salvadoreño… y con el Senador de los Estados Unidos de América. Envían a Booth y Brennan a ayudar al oficial de policía que detuvo un auto en el barrio El Salvadoreño de Washington. El sospechoso, de nombre José Vargas, lleva el tatuaje de la pandilla Mara Muerte en su cuello.
Brennan y Zach investigan el accidente de un avión del Departamento de Estado cuyos pasajeros eran diplomáticos chinos; se sorprenden al descubrir fragmentos de hueso cerca del lugar del accidente que pertenecen a alguien que pudo no haber estado en ese vuelo.
Brennan es el blanco de un asesino durante la investigación del crimen del jefe de la mafia y una joven estudiante universitaria, aparentemente sin relación entre si. Brennan arregla una cita con un hombre a través de un sitio de Internet. Goodman la informa de un caso que tiene prioridad absoluta. Acaba de aparecer en la Bahía de Chesapeake un cuerpo acribillado a balazos. El FBI cree que es el cuerpo de James Cugini, jefe de la mafia desaparecido hace seis años. Enseguida llega Booth acompañado por el Agente Especial Jamie Kenton, uno de los investigadores originales del caso Cugini.
Con la colaboración de un vagabundo, los investigadores buscan un sistema de túneles abandonados debajo de Washington D.C. con la esperanza de resolver el asesinato de una realizadora de documentales. Brennan, Booth y Zack bajan por un conducto de ventilación que conduce hacia un túnel debajo de Washington D.C. Al llegar al final encuentran un grupo de oficiales de la policía custodiando los restos de un cuerpo humano
Durante sus vacaciones Angela encuentra un cráneo en el desierto. Ante la sorpresa acude a Brennan Temperance en busca de ayuda para poder identificarlo. Angela se encuentra muy nerviosa porque teme que ese cráneo sea el de su novio que ha desaparecido junto a guía local. La investigación del equipo de Brennan les lleva a encontrarse con un novio violento, un sheriff local y a un anillo falsificado en el desierto que será clave para esclarecer a quien pertenece el cráneo encontrado.
En este episodio Brennan y Booth tienen que moverse en un terreno al que no están acostumbrados. Ambos son llamados a la morgue del FBI. Allí conocen Harry Tepper, un médico que se encuentra examinando el cuerpo de Ted Macy, un hombre que fue encontrado en el Parque Nacional. El hombre fue victima de un naufragio. Esto hará que la doctora y el investigador tengan que investigar un caso que les llevará hasta un tesoro pirata.
Brennan se ha desplazado hasta Nueva Orleáns para ayudar a identificar a las víctimas del huracán Katrina. Al despertarse en su hotel Brennan encuentra un charco de sangre y tiene un gran dolor de cabeza provocado por un golpe. Ella no recuerda lo que ha pasado. Al llegar, Booth intenta ayudarle e investiga lo sucedido para encontrar una explicación a lo sucedido. Al poco tiempo ambos se enteran de que el médico local ha sido asesinado. Este hecho hace que Brennan empiece a crearse una idea de lo sucedido. Sus indagaciones les llevarán hasta el misterioso mundo del vudú.
En este episodio el equipo de investigación tiene que ayudar a Amy, la hija del Director de . Ella ha contraído un cáncer de pulmón con unas características muy extrañas después de someterse a un injerto de hueso. Tras preocuparse y recopilar diferentes informaciones Brennan y Booth descubren que Amy no es la única persona que ha contraído esta virulenta enfermedad después de haberse sometido a una operación de esas características.
Brennan y Booth tienen que investigar lo que aparentemente ha sido un suicidio en el cementerio de Arlington. Pero, no pasará mucho tiempo hasta que ambos descubran que en realidad ha sido un asesinato. Lo más interesante de todo es que la victima es un soldado de la guerra de Iraq. Para llegar a esclarecer este caso ambos tendrán que enfrentarse a multitud de interrogantes sobre la unidad en la que militó la víctimas. Una unidad con unas actividades bastante turbias. Este caso servirá para que Booth recuerde su pasado en el ejército como francotirador y los horrores que sufrió en la guerra.
Varios huesos que deben ser identificados llegan hasta el laboratorio de Brennan. La doctora recibirá un gran impacto emocional cuando descubra que los huesos pertenecen a su propia madre. El shock para ella es muy grande ya que no sabía nada de sus padres desde que ellos desaparecieron hace 15 años sin dejar rastro. Booth abre por primera vez la investigación del caso. Brennan comienza a pensar que sus padres puede que no fueran en realidad quienes ella pensaba que eran. La investigación de esos huesos le llevarán a conocer mejor su propio pasado familiar.
